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　関税・消費税等の立替払いについては、近年、公正取引委員会が監視の目を強めている。「荷主と物流事業者との取引に関する調査結果」では、２０２２年以降連続で、輸入通関業務について関税・消費税の納付を荷主が物流事業者に立て替えさせていた事例を「不当な経済上の利益の提供要請」として報告。また、関税や消費税の支払いを荷主が通関業者に立て替えさせ、通関業者の利益を不当に害する場合、取適法（中小受託取引適正化法）上、問題となるおそれがあるとの考え方も示している。

　荷主と通関業者の不適正な取引を抑止・改善する仕組みも整備されつつある。日本通関業連合会は、「通関業界の経営環境の改善に向けた活動に関する目安箱」をホームページに設置し、関税局との情報共有や公取委への通報を行えるようにした。不適正な取引の例としては、荷主が通関業者に立替払いを要求することや、リアルタイム口座振替方式または納期限延長制度等への変更、通関業務料金の見直しについて通関業者が交渉を申し入れた際、通関業務の委託を中止するまたは中止をにおわせる――ことなどが該当する。